为了保证中心各项改革方案顺利实施，我校制定了一系列实验教学相关政策、制度给予保障，鼓励更多教师投身于实验教学工作。
　（一）保证实验教学的措施：学校制定了《南京中医药大学实验教学规程》对实验教学中的教学计划、教学大纲的制定、实验教材的编写、实验课的考核、实验教师的任职资格等均作出了明确的规定。
　（二）保证实验教学运行：中心及所依托的学院和部门制定了相关规章制度，包括实验室建设、管理、经费使用、教学督导、意见反馈、监督检查、考核制度等，以确保中心各项任务的完成。
　（三）实验教学奖励政策：《南京中医药大学教学工作奖励条例》中规定：“获得国家级实验教学示范中心建设立项奖励10万元；省级实验教学示范中心和其它省级教学实验建设项目立项奖励5万元”，制定了《南京中医药大学教学实验室先进集体及先进个人评比办法》，对实验教学的先进集体及先进个人进行奖励。实验教师在论文、课题、获奖与理论教师一视同仁，在职称晋升及薪酬方面与其它教学岗位教师均一视同仁。
　（四）实验教师培养方案：为青年教师制定为期5年的发展规划，鼓励中心人员攻读博士、硕士学位，并为他们减免一定的工作量；每年选派2～4名专职人员到国内或国外进行短期培训，提高实验技术水平和实际应用能力；积极鼓励实验教师参与实验教学研究，承担的教改项目与科研项目同等对待；中心专职人员与各学科教研室教师实行定期轮换制；临床与教学相结合，鼓励中心教师参加附属医院的临床工作，掌握临床诊治的新进展，不断调整实验教学内容、改进实验教学方法，使之与临床密切结合。
　（五）学生临床技能考核办法：在加强实验课技能考试及毕业技能考试的同时，为了使学生做好充分的实习准备、确保毕业实习的效率和质量，制定了《南京中医药大学关于实行毕业实习准入制的实施意见》，明确规定“技能操作考试达60分者可按时获参加毕业实习资格，没达到60分者补考合格后方可参加毕业实习”。
　（六）实验室日常管理制度：学校制定了详细的实验室仪器设备管理制度及安全措施，同时中心自己也制定了相关制度，如《仪器设备维护与管理制度》、《实验室的安卫生制度》、《学生实验守则》、《大型精密贵重仪器操作规程》等。中心严格执行学校的规章制度，保障各种仪器和设备的正常运行。