为了保证实验教学设备的正常运行，制定了完备的仪器设备管理制度，如《南京中医药大学实验室仪器设备操作规程》、《南京中医药大学精密贵重仪器和大型设备管理办法》、《南京中医药大学自制设备管理暂行办法》、《南京中医药大学损坏、遗失实验器材实行赔偿的暂行办法》、《南京中医药大学仪器设备报废、调剂及废品处理管理办法》等。